雅马哈YZF-R3和R25都是以“每天都想骑上它的运动型摩托车”为概念进行开发设计的，R3在同级别车型中拥有最高的功率输出，将引擎排气量从250cc升级到320cc，R3不只是最大功率的提升，还有中低速容易操控和优秀的中高速速度感和省油等特性，由于排气量的提升，带来更充裕的动力和强劲的扭矩，在正常街道上骑行也有着良好的操控性能，引擎性能全面超越R25的R3拥有可媲美400cc级别车型的高性能。
雅马哈R3和R25外观的差异主要是来自：1、轮胎 2、脚踏护板 3、仪表板高转速告之区域(红线区域)。
在车体重量方面，搭载ABS的雅马哈R3重量是169kg，ABS版R25则是168kg，只多了1kg 的R3在规格上和R25几乎没有太大的差异，具体差异来自轮胎，R25采用速度等级为S的轮胎，R3则是采用米其林H级轮胎(轮胎速度等级：S级最高速度180km/h，H级最高速度210km/h)。除此之外，雅马哈R25和R3的车体设计属同一产品平台，另一个细微差别点是脚踏护板盖，R25追求轻量化在脚踏护板上开孔以求减重，R3则是常规设计没有空洞，以上这些都是雅马哈R25和R3的差异点。
另外，R3的最高功率31kW/10750转，R25是27kW/12000转，所以仪表板上的红线区也是不相同的。雅马哈R3和R25的“隐性”差异包括：ECU的设定、节气门的怠速空气阀/怠速控制器的设定、空滤接管的长度、散热风扇的性能以及排气管等。
| 车型 | 重量 | 功率 | 功重比 |
|---|---|---|---|
| YZF-R3 ABS | 169kg | 31kW | 5.45 |
| YZF-R25 | 166kg | 27kW | 6.15 |
| 常规250CC 全覆式摩托車 |
164kg～174kg | 21～23kW | 7.8～7.57 |
| 常规400CC 全覆式摩托車 |
194kg～211kg | 32～34kW | 6.1～6.2 |
雅马哈R3的最大魅力之一就是它在同级别车型中拥有最大的功重比，250cc级别的轻量车车(169kg)搭配上320cc高性能引擎的R3，功重比是5.45，功率重量比是指每1kg的功率，数值越小越加速性越好(仅供参考)，R3比常规400cc全覆式运动型摩托车的功重比都要出色。
雅马哈R3以250cc级别的轻体车身搭载320cc高性能引擎，是一款非常令人惊艳且值得期待的车型。
